1 Anotación Automática Dante Travisany

2 Temas Pipeline Tools Bases de Datos Conceptos Ejemplos Ensembl

3 Identificación del Problema Virus : 15 – 20 Bacteria 3000 - 5000 Eucariontes: sobre los 10000

4 Pipeline Unix Símbolo: | Segmentación

5 Tools BLAST InterProScan AmiGO Pathway Tools Infernal Glimmer Critica GeneMark GeneWise BedTools Samtools GenomicTools KEGG-API

6 Base de Datos BLAST DB Protein -KEGG -PRIAM -SWISSPROT -UNIPROT -NR BLAST DB Nucleotide - NT - REFSEQ - RDP InterProScan - Databases -Pfam -SSF -Gene3D -TIGRfam

7 Nuevo Problema Gran cantidad de bases de datos. Errores en Anotación, doble anotación. Necesidad de Crear un vocabulario Controlado Gene Ontology, UniPROT, SwissPROT, InterProScan. Capacidad de realizar referencias cruzadas en las bases de datos.

8 Algunos Conceptos Importantes Gene Name Vocabulario Controlado IFAA

9 GeneName: Para cada Organismo existen gene names particulares, según la base de datos de Referencia. HUGO: www.genenames.org

10 Gene Ontology Consortium Gene Ontology: Proyecto colaborativo entre variadas instituciones. Vocabulario: Estructurado Preciso Común Controlado Permite describir los roles de los genes y los productos génicos en cualquier organismo.

11 División Gene Ontology Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular

12 COG - KOG

13 Idea Filtrar por bases de datos Generar una rutina automática capaz de iterar el proceso, para cada set de genes.

14 Tools & Databases

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17 Resumen Hasta ahora, se han visto: NGS sequencing. Assembly. Gene Prediction. Annotation (Databases). Automatic Annotation

18 Caso Transcriptómica

19 Nannochloropsis salina transcriptomics

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23 23 GenDB – Automatic Annotation System for Prokaryotic genomes Development for the University of Bielefeld since 2002. Modular system developed using an OOP and a relational database (O2DBI). Provide an Application program Interface (API).

24 24 GenDB Folker Meyer et all. GenDB an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research,2003

25 25 GenDB Pipeline 25

26 26 GenDB

27 Ensembl Inicio:1999 Objetivo: generar herramientas de anotación automática. Ensembl Pipeline. Website: http://www.ensembl.org/

28 Galaxy Workflows, para NGS sequence, web based. http://galaxy.psu.edu/ http://galaxy.psu.edu/