1 avanzado Concepción Campos Asensio Bibliotecaria-DocumentalistaHospital Universitario de Getafe BiblioGETAFE 17 de diciembre de 2014 1

2 con etiquetas de camposPubMed Nivel principiantes Nivel avanzado Qué es PubMed Historia Acceso Búsqueda sencilla Visualización de los resultados Manejo de los resultados Búsqueda avanzada Personalización Pantalla de búsqueda Búsqueda booleana con etiquetas de campos Búsqueda con MeSH Configuración de una cuenta personal Definición de filtros para los resultados Salvar los resultados de mis búsquedas Salvar estrategias y Creación de alertas

3 Pantalla Advanced SearchVentana de búsqueda básica 3 3

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5 HERRAMIENTAS DE BÚSQUEDA / PubMed ToolsSingle Citation Matcher: Busca referencias partiendo de los datos conocidos.  Muy útil para localizar referencias incompletas, verificar datos... Clinical Queries: Buscador especializado que tiene incorporados filtros metodológicos: Clinical Study Category Systematic Reviews Medical Genetics 5 5 5 5 5

6 OTROS RECURSOS / More ResourcesMESH Database: permite buscar por descriptores/ palabras clave (MESH) que la base de datos ha asignado a los referencias. Journal Database: incluye todas las revistas indizadas en PubMed, y se pueden localizar por: título, abreviatura, ISSN, especialidades… 6

7 Búsqueda con etiquetas de camposCada campo de un registro bibliográfico, se identifica mediante una etiqueta de dos o más letras (calificadores de campo), que podemos añadir a continuación de cada término entre corchetes: ej.: mycobacterium bovis[mh]. Tanto los términos de búsqueda como los calificadores de campo, no importa si se escriben en mayúscula o minúscula ni el espacio. Ej.: cysticercosis [mh] = Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH] Campos estructurados y no estructurados

8 con calificadores de campoBúsquedas Booleanas con calificadores de campo Citas que contengan a Perlman como autor, que trate de tuberculosis y publicado en 1999: Artículos que traten de la fiebre o hipertermia en la tuberculosis pulmonar: Artículos de revisiones en inglés que traten sobre la terapéutica del asma en niños preescolares: Pero debes saber que…. La búsqueda con etiquetas desactiva el Automatic Term Mapping (ATM)

9 Índices [ti] puede utilizarse para buscar palabras o frases en elcampo de título pero NO para el título completo

10 Construcción de Índices de frasesMedPost: identifica nuevas frases desde los campos de título y abstract de PubMed La frase se añade si: se produce al menos 3 veces en la base de datos contiene al menos 1 carácter alfabético tiene como máximo 6 palabras Las frases se añaden a los índices de PubMed dos veces al mes Smith L, Rindflesch T, Wilbur WJ. MedPost: a part-of-speech tagger for bioMedical text. Bioinformatics Sep 22;20(14): Epub 2004 Apr 8. PubMed PMID: Disponible en:

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12 Pantalla Advanced Los números de búsqueda se pueden combinar entre sí o con los nuevos términos de búsqueda con la lógica booleana (por ejemplo, # 1 y # 2) 12 12 12

13 MeSH Browser disponible en:Descriptores MeSH Acrónimo de Medical Subject Headings (MeSH)‏ Vocabulario controlado de términos biomédicos que describen el contenido de cada artículo que se ingresa en la base de datos Medline Es una característica distintiva de MEDLINE Aproximadamente términos médicos Revisados anualmente Organizados de manera polijerárquica 1 referencia bibliográfica = 12 términos del Tesauro MeSH Browser disponible en: Coletti MH, Bleich HL. Medical subject headings used to search the biomedical literature. J Am Med Inform Assoc Jul-Aug;8(4): Erratum in: J Am Med Inform Assoc 2001 Nov-Dec;8(6):597. PubMed PMID: ; PubMed Central PMCID: PMC 13

14 Medical Subject Headings (Vocabulario MeSH ®)MeSH Vocabulary Type Examples Headings Body Weight, Kidney, Dental Cavity Preparation, Self Medication, Brain Edema, Oseltamivir Subheadings adverse effects, genetics, contraindications, ultrastructure Publication Types Letter, Review, Practice Guideline, Twin Study Supplementary Concept Records cordycepin, albuterol-ipratopium, carbon monoxyde dehydrogenase, nocturnin 14

15 MeSH Entry Terms (Ejemplo)Lung Neoplasms Tumors or cancer of the LUNG. Entry Terms: Neoplasms, Pulmonary Neoplasm, Pulmonary Pulmonary Neoplasm Neoplasms, Lung Lung Neoplasm Neoplasm, Lung Pulmonary Neoplasms Lung Cancer Cancer, Lung Cancers, Lung Lung Cancers Cancer of Lung Pulmonary Cancer Cancer, Pulmonary Cancers, Pulmonary Pulmonary Cancers Cancer of the Lung 15 15

16 Estructura jerárquica del MeSH16 16 16 16

17 MeSH Tree in Use 17

18 Indización: la regla del 3Si en un artículo se discute de más de 3 conceptos principales relacionados, se indizará con el encabezamiento MeSH más general bajo el cual están todos jerarquizados.   Los encabezamientos específicos también pueden ser indexados pero no como Major Topics. Ejemplo: Si el artículo discute sobre las infecciones por Helicobacter pylori, Clostridium difficile, peptostreptococci y vancomycin-resistant enterococci será indizado como BACTERIAL INFECTIONS (Ejemplo PMID y )

19 Check tags Algunos encabezamientos son considerados para cada artículo (“check tags”) Incluye: Species (incluidos Humans) Sex Age groups (para humans) También periodos históricos de tiempo y embarazo Generalmente son indizados aunque solo sean meramente mencionados, a diferencia de otros MeSH headings

20 Subheadings / Subencabezamientos o cualificadoresDescriben un aspecto (cualificadores) particular de un encabezamiento MeSH Hay 83 subheadings organizados por categorías: Administration & dosage Adverse effects Complications Diagnosis Drug therapy Epidemiology Organization & administration Pharmacokinetics Prévention & control Surgery Therapeutic use Ejemplo: Lung Neoplasms/diagnosis Disponible en: con enlaces a las definiciones

21 Subheading Groupings (Ejemplos)adverse effects poisoning toxicity therapy diet therapy physiology drug therapy genetics nursing growth & development prevention & control immunology radiotherapy metabolism rehabilitation biosynthesis surgery blood transplantation cerebrospinal fluid deficiency enzymology pharmacokinetics urine physiopathology secretion Estructura jerárquica completa y definiciones están disponibles en: 21

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23 Publication Types EJEMPLOS jerarquíaReview Editorial Letter Interactive Tutorial Clinical Trial, Phase III Twin Study Lista completa de tipos y enlaces a las definiciones está disponible en: 23

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25 Revised 2014/03 25

26 MeSH Heading vs. SCR: ¿Porqué ambos?MeSH Headings Disposición jerárquica Subheadings Actualización anual Entry Terms Sin jerarquía: no búsqueda ampliada No subheadings Actualización semanal Entry Terms Mapeo de Heading Puede convertirse en MeSH Heading Search Results (# records) Xanthophylls [nm] 2000 Xanthophylls [mh] 2923 Xanthophylls 3166

27 The MeSH Database OTROS RECURSOS / More ResourcesRecursos de Información The MeSH Database OTROS RECURSOS / More Resources Seleccionamos MeSH dentro del menú More Resources de la página de inicio de PubMed 27

28 MeSH Database Una vez en la pantalla de MeSH Database, escribimos Eye y pulsamos Search

29 En el resultado encontrado, pinchamos en Eye

30 Nos aparece el registro completo para EyeSubheadings o subencabezamientos MeSH Major Topic y Do Not Explode Términos relacionados de posible interés Posición del término en la estructura jerárquica Este término está situado en dos ramas

31 Introducimos “probiotics” en la ventana de Mesh DatabaseEn niños con diarrea ¿la administración de probióticos produce una disminución de la Intensidad y/o de la duración de la diarrhea? Pulsar sobre “Search”... Término que escribo: Probiotics Introducimos “probiotics” en la ventana de Mesh Database ... 31 31 31

32 Del término “Probiotics” nos interesa su utilidad terapéutica...Término Mesh “Probiotics”: leer la definición y escoger uno o varios subdescriptores Definición Subencabezamientos: escoger el o los que tengan relación con nuestra pregunta Del término “Probiotics” nos interesa su utilidad terapéutica... ...Así que marcaremos la casilla “therapeutic use” 32 32 32

33 El siguiente paso es introducir este término Mesh con su subdescriptor en la ventana “PubMed Search Builder” Para ello en la ventana “PubMed search builder”, pulsamos sobre el botón “Add to search builder”, y el término, con su subencabezamiento, aparece en la ventana 33 33 33

34 Volvemos a repetir los anteriores pasos con el nuevo término “Diarrhea” Introducimos el nuevo término y hacemos clic sobre “Search”... ... Así que marcamos aquellos subdescriptores que se refieran a tratamiento: “diet therapy”, “drug therapy” y “therapy” 34 34 34

35 Siguiente paso: añadir este término con sus subdescriptores al PubMed Search Builder” ...y lo hacemos seleccionando: 1): el operador booleano AND 2): haciendo clic posteriormente sobre botón de “Add to search builder” Para lanzar nuestra búsqueda y ver los resultados recuperados con esta estrategia hacemos clic en el botón de “Search PubMed” 35 35 35

36 Resultado Limitamos el resultado marcaremos, por ejemplo, “Meta-Analysis” (tipo de artículo), “All Child” (Edad) 36 36 36

37 Cómo se indizan los medicamentosDesde 1996 en MEDLINE para cada MeSH de una sustancia química y fármaco hay asignado uno o más encabezamientos que describen su acción farmacológica (“Pharmacological Action” o PA)

38 Cómo se indizan los medicamentos

39 Dos formas de usar los PACuando buscamos por la acción específica de un medicamento, la etiqueta del término de la acción es [mh] Medicamento AND Pharmacological Action [mh] Ej.: recupera artículos sobre el litio como antidepresivo Cuando buscamos por un grupo de medicamentos con una misma acción farmacológica con una enfermedad la etiqueta es [pa] Enfermedad AND Pharmacological Action[pa] recupera artículos sobre cualquier medicamento antidepresivo y desorden de pánico

40 Resumiendo… Hay cuatro tipos de MeSH:MeSH es el vocabulario controlado para la indización temática y búsqueda en MEDLINE/PubMed Hay cuatro tipos de MeSH: Headings Subheadings Publication Types Supplementary Concept Records MeSH utiliza sinónimos conocidos como “Entry terms” MeSH tiene una organización jerárquica o arbórea Los indizadores designan los temas principales de los artículos como MeSH Major Topics Para encontrar los término MeSH hay que usar la MeSH Database Utilizar My NCBI Site Preferences para personalizar la visualización de PubMed (más adelante)

41 Consideraciones finalesRealizar búsquedas mediante la opción MeSH Database es sólo una de las múltiples formas de buscar en PubMed Las búsquedas son más precisas pero menos sensibles Debemos tener en cuenta que si buscamos por MeSH la búsqueda es más precisa pero se pierde todas aquellas referencias más recientes no incorporadas a MEDLINE Medline Indexing Online Training Course disponible en:

42 Es necesario un registro previoFuentes Medicina Basada en la Evidencia - Filtros Cómo personalizar PubMed - 1era. edición 11 de Mayo de 2012 Es una herramienta que permite guardar/recuperar en un servidor remoto (accesible en cualquier momento con solo conectarse a Internet) estrategias de búsqueda, crear alertas, guardar referencias bibliográficas e incluso personalizar, mediante la elección de filtros, el uso de PubMed. Es necesario un registro previo 42 C. Campos Hospital Univ. Getafe 42 42

43 Crear una cuenta MyNCBI1 2

44 Crear una cuenta MyNCBI

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46 My Bibliography

47 My Bibliography

48 Crear filtros

49 Hospital Universitario de Getafe, Spain

50 Filtros Artículos que sean ECC o RS: (randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract])) OR systematic[sb] Temática Atención Primaria: ("primary care" OR “Primary Healthcare” OR "family practice" OR "family physician" OR "family physicians" OR “Primary Care Physician” OR “Primary Care Physicians” OR "general practice" OR "general practitioners" OR "general practitioner" OR “family medicine” OR "Primary Health Care"[Mesh] OR "Physicians, Primary Care"[Mesh] OR "Primary Care Nursing"[Mesh]) Ancianos: (geriatr* OR elder* OR older OR "senior citizen" OR "senior citizens" OR retired OR retirement OR Retiree* OR "social security" OR "nursing home" OR "assisted living" OR "nursing home" OR "nursing homes" OR pension* OR senil* OR dementia OR grandparent* OR grandmother* OR grandfather* OR grandma* OR grandpa* OR septuagenarian* OR octagenarian* OR sexagenarian* OR nonagenarian* OR centenarian* OR supercentenarian*) AND (aged[mesh]OR elderly[TI] OR AGED[TI] OR SENIOR[TI] OR "aged, 80 and over")

51 crear alertas bibliográficasSalvar estrategias y crear alertas bibliográficas

52 Collections

53 Collections

54 NCBI Sites PreferencesClick aquí 54

55 NCBI Sites Preferences

56 Abrir Abstract Supplemental Data en My NCBI Usar My NCBI /highlighting56

57 Highlighting y Open supplemental data57

58 Hospital Universitario de Getafe [email protected] Blog: 58