1 Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PANKonwersatorium Statystyka w medycynie Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN

2 Plan zajęć: 1. Wprowadzenie do R – przypomnienie. 2. Metody wizualizacji danych i prezentacji wyników – biblioteka ggplot2. 3. Tabele liczebności, iloraz szans, test chi-kwadrat, dokładny test Fishera - zastosowanie w genetyce. 4. Statystyki parametryczne, test t, ANOVA, wartość P – zastosowanie w biologii. 5. Problem wielokrotnego testowania (metody korekcji) – zastosowanie w genomice. 6. Regresja liniowa. 7. Klasyfikatory – zastosowanie w diagnostyce. 8. Ocena jakości klasyfikatorów (ROC) – zastosowanie w epidemiologii. 9. Stratyfikacja populacji, błąd systematyczny, dobór próby. 10. Planowanie eksperymentów biomedycznych.

3 Poszukiwanie genów związanych z działaniem substancji uzależniających oraz poznanie dynamiki zmian ekspresji genomu w mózgu po ich podaniu.

4 Schemat doświadczeniaDo doświadczenia wykorzystano sześć substancji: kok, met Tkankę, która stanowiło prązkowie pobrano w czterech punktach czasowych

5 Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszy

6 Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszy

7 Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszyZestaw klatek do pomiaru aktywności motorycznej myszy

8 n=5 SEM Czas pomiaru Podanie substancji

9 Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszy

10 Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na transkryptom prążkowiaANOVA (czynnik: substancja) P < 1 * 10-6 Badaliśmy jednorazowe podanie, ktore wywoluja zmiany w fizjologii neuronow Zidentyfikowane transkrypty przedstawiono na tzw. Heatmapie. Wiersze to... koleumny to. Na kazdy punkt trzy. Na kazda substancje cztery punkty czasowe Względny poziom transkryptu przedstawiono kolorem. Czerwony wysoki, niebieski niski