1 Karolina Makieła dr hab. Piotr JonczykKrajowa Sieć Informacji o Bioróżnorodności spotkanie sprawozdawcze Warszawa 13.XII CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW „ColIBB” INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN Pawińskiego 5A, Warszawa Karolina Makieła dr hab. Piotr Jonczyk

2 http://kolekcja.ibb.waw.pl/ 2000 r utworzenie kolekcji IBB2003 r włączenie do KSIB Zbiór unikalnych szczepów skonstruowanych przez pracowników i studentów IBB Zbiór szczepów wyizolowanych ze środowiska Zbiór szczepów referencyjnych do badań fagów

3

4 KSIB - ColIBB Zakup materiałów niezbędnych do deponowania i przechowywania szczepów bakteryjnych i drożdżowych: raków, pudełek i fiolek kriogenicznych, także sprzętu komputerowego, zasilacza UPS Informatyk, opiekun kolekcji

5

6 CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW IBB PAN „ColIBB”

7 CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW IBB PAN „ColIBB”KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH 2891 REKORDY KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH 3479 REKORDY (117 w przygotowaniu) KOLEKCJA PLAZMIDÓW 1676 REKORDY (300 w przygotowaniu) KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW IZOLATY ŚRODOWISKOWE 29 REKORDÓW (271 rekordów w przygotowaniu) Euroscarf

8 KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCHZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA metabolizm komórkowy np. metabolizm siarkowy segregacja chromosomów w bakteriach G+ G- segregacja plazmidów ZBIÓR SZCZEPÓW WYKORZYSTYWANYCH DO KONSTRUKCJI SZEREGU MUTANTÓW I MAPOWANIA MUTACJI kolekcja szczepów niosących transpozony w różnych miejscach na chromosomie

9 KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCHSZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW FARMACEUTYCZNYCH Lactobacillus rhamnosus , Streptococcus equisimilis ZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCH LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH Staphylococcus aureus ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7, Lambda

10 Lactococcus cremoris Lactococcus garvieae Lactococcus hordniae Lactococcus lactis ok.1000Lactococcus raffinolactis Salmonella typhimurium Staphylococcus aureus Streptococcus agalactiae Streptococcus bovis Streptococcus equisimilis Streptococcus thermophilus Bacillus subtilis ok.100 Bifidobacterium longum Enterococcus faecalis Escherichia coli ok.1000 Lactobacillus sp. Lactobacillus casei Lactobacillus paracasei Lactobacillus plantarum Lactobacillus rhamnosus

11 KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCHZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja chromosomów w komórkach drożdżowych transport wewnątrzkomórkowy regulacja transkrypcji cytoplazmatycznej (POL III RNA) translacja mitochondrialna inne

12 KOLEKCJA PLAZMIDÓW PLAZMIDY NIOSĄCE SKLONOWANE GENY, SŁUŻĄCE DO BADANIA RÓŻNYCH PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja plazmidów transport wewnątrzkomórkowy segregacja chromosomów (Pseudomonas aeruginosa) PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY GENOMÓW BAKTERIOFAGÓW P1 I P7 PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY PLAZMIDÓW KLINICZNYCH O SZEROKIM SPECTRUM OPORNOŚCI WEKTORY LINIOWE WEKTORY EKSPRESYJNE

13 KOLEKCJA IZOLATÓW ŚRODOWISKOWYCHIzolaty z terenów skażonych z okolic kopalni: Złoty Stok, Szklary, Olkusz Grupa bakterii niewrażliwych na wysokie stężenie Arsenu – izolowane z terenów kopalni (woda, skały, osady) – tworzą maty i biofilmy Grzyby – izolowane z nieczynnej kopalni Złoty Stok Charakterystyka izolowanych szczepów, dane geograficzne, dokumentacja fotograficzna

14 Paracoccus marcusii Pseudomonas sp. Rhodococcus sp. Sinorhizobium sp. Shewanella sp. Sphingomonas sp. Stenotrophomonas sp. Streptomyces sp. Serratia grimesii Aeromonas sp. Arthrobacter sp. Bacillus sp. Brevundimonas sp. Chryseobacterium sp. Microbacterium sp. Micrococcus sp.

15 KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓWUnikalna kolekcja bakteriofagów bakterii mlekowych, enterobakterii i gronkowców Badania nad genomiką i biologią fagów umożliwią wykorzystanie ich potencjału bakteriotoksycznego i przemysłowego Wymagająca nowych rozwiązań deponowania i przechowywania

16

17 W PLANACH Przebudowa bazy danych usprawniająca wprowadzanie i wyszukiwanie danych Współtworzenie sieci informacji o referencyjnych szczepach bakteriofagowych oraz bakteriofagach Rozbudowa bazy danych dotyczących Bakteriofagów (współpraca z Siecią Biologii i Biotechnologii Bakteriofagów) oraz Izolatów Środowiskowych

18 Dziękuję za uwagę