1 M.Carrascal 2010 ACTUALIZACIÓN DE LA WEB LYMPHOS. DICIEMBRE 2010. Objetivo: modificar la página web para poder introducir la información cuantitativa derivada de experimentos iTRAQ y TMT. 1) Experimentos realizados o previstos. En todos los experimentos se compara una condición control frente a una o varias condiciones de activación. - Actualmente se han realizado los siguientes experimentos:. Marcaje iTRAQ: Control vs 4-horas PMA-Ionomicina.. Marcaje TMT: Control vs 15-min PMA-Ionomicina vs 2-horas PMA-Ionomicina. - Se prevee aumentar el número de experimentos utilizando el marcaje TMT. Las condiciones y los tiempos podrían ser diferentes  activación con anticuerpos y diferentes tiempos. 120240

2 M.Carrascal 2010 N N O O N O O Balance group Mass 31-28 (Neutral loss) Reporter Group 114-117 (Retains charge) Isobaric Tag Total mass = 145 2004006008001000120014001600 m/z 0.2 0.6 1.0 1.4 Relative Abundance 705.1508.7 291.2 685.6 533.4 1097.4 743.5 420.4 912.0 548.9 985.1 115.9 646.5 110111112113114115116117118119 m/z 0 116 117 115 114 Fractionate Purification LC-MS/MS Control / Test Peptide Mix Mix iTRAQ 114 Protein mixture Control 1 iTRAQ 115 Protein mixture Control 2 iTRAQ 116 Protein mixture Test 1 iTRAQ 117 Protein mixture Test 2 Digestion ANALYSIS iTRAQ

3 M.Carrascal 2010 Informaci ó n a incluir en la p á gina web: informaci ó n sobre los tres buscadores y informaci ó n cuantitativa Scores de Sequest, Omssa y Phenyx. Informaci ó n cuantitativa Peptide view Tipo de experimento: seg ú n sea iTRAQ o TMT apareceran unos u otros iones reporter Que hay en cada marcador: no siempre los controles y los activados est á n en el mismo sitio, en cada experimento hay que tener en cuenta como se ha colocado Intensidad de cada ion reporter Marcar iones reporter

4 M.Carrascal 2010 Informaci ó n a incluir en la p á gina web: informaci ó n sobre los tres buscadores y informaci ó n cuantitativa Scores de Sequest, Omssa y Phenyx. Informaci ó n cuantitativa Tipo de experimento: seg ú n sea iTRAQ o TMT apareceran unos u otros iones reporter Que hay en cada marcador: no siempre los controles y los activados est á n en el mismo sitio, en cada experimento hay que tener en cuenta como se ha colocado Intensidad de cada ion reporter Peptide view Marcar iones reporter

5 M.Carrascal 2010 ADICION DE LA INFORMACION CUANTITATIVA INTEGRADA Información cuantitativa integrada: para cada secuencia cuantificada hay que calcular el ratio de los activados frente a control en cada experimento e indicar si está upregulated, donwregulated or not modified. 0240 min ADRTYPpSWRTK Experiment = Control vs 4-h PMA/Ionomicina p-sites = 1 State = upregulated at 4h Number of spectra = 2 5.4 6.0 5.7 Linkar a la experimental informacion, a las MIAPE Linkar a peptide view

6 M.Carrascal 2010 0 15120 min ADRTYPpSWRTK Experiment = Control vs 15-min vs 2-h PMA/Ionomicina p-sites = 1 State = not modified at 15 min. Upregulated at 2 h Number of spectra = 2 5.4 6.0 5.7 1.2 1.3 1.25 0 15120 min ADRTYPpSWRTK Experiment = Control vs 15-min vs 2-h PMA/Ionomicina - 2 p-sites = 1 State = not modified at 15 min. Upregulated at 2 h Number of spectra = 3 5.4 6.0 5.7 1.2 1.3 1.25

7 M.Carrascal 2010 A ñ adir, para cada secuencia, un link con el icono de una balanza que est é dirigido a la informaci ó n cuantitativa Protein view

8 M.Carrascal 2010 3) Modificar las personas implicadas en el proyecto. Eliminar a David?? Incluir a Oscar y a Marina. 4) Como hacemos los formatos de entrada? OTROS