1 PCR PV92 Secuencias Alu

2 Genes divididos en eucariotasGen codifica la proteína Esta secuencia no es corrida de principio a fin La secuencia de ADN en genes eucariotas presenta interrupciones Interrupciones: Intrones Regiones codificantes: Exones

3 “ Splicing“ El transcrito primario es procesado por splicingElimina los intrones y une los exones Ejempo: Gen de la distrofina tiene 74 intrones ARNm

4 ADN repetitivo Secuencias repetitivas encontradas en todo el genomaParte del “ADN chatarra” Pueden variar en longitud: LINEs: miles de pb SINEs: pb

5 SINEs (short interspersed nuclear elements)SINE tienen menos de 500pb En un genoma humano se pueden encontrar o más. Los SINEs humanos mejor caracterizados: familia Alu (el nombre se debe a la presencia de sitios de restricción para la endonucleasa AluI). Miembros de familia Alu tienen entre 200 y 300pb de longitud y se encuentran dispersos bastante uniformemente por todo el genoma, tanto entre genes como dentro de ellos. En humanos, secuencias Alu son más 5% del genoma completo.

6 BRCA1 Rojo: exones Flechas: Alu (más del 40% de los intrones)Flechas azules: Alu involucrados en deleciones y duplicaciones (recombinación con otros Alu)

7 Screening para secuencia Alu en locus PV922 alelos posibles: con o sin inserción de Alu Lo detectamos por PCR

8 Herencia mendeliana del polimorfismo de Alu

9 Electroforesis Banda más pesada puede ser más tenueCuidado para no hacer errores en asignar genotipo En heterocigotas se puede formar heteroduplex que migra más lento

10 Dímeros de primer en PCR

11 Primer dimers Primer dimer Complejos de los dos primersMás frecuentes cuando reacción no amplificó, también cuando se usa un exceso de primers Cuidado cuando se corren geles poco tiempo

12 Importancia de intrones en estudios de variación genéticaProporción importante de la variación genética en los intrones o regiones entre genes. ¿Por qué? Importantes en: identificación de individuos y genética de poblaciones

13 Resolución de problemas de PCRtroubleshooting-checklist/

14 Ejercicio Primers para locus PV92: Hacer PCR in silico

15 Ejercicio Copiar secuencia amplificada Hacer un BLAST:Nucleotide BLAST Contra base de datos nr/nt Somewhat similar sequences (blastn) Identificar secuencias similares, ver valores de E

16 Ejercicio Analizar secuencias: Human Alu repeat¿Qué observa flanqueando la secuencia Alu? ¿Cómo termina la secuencia Alu? Homo sapiens isolate BAS101 AluPV92 repeat sequence ¿Cuál es la relación entre esta secuencia y la anterior? Leer artículos de Alu y diversidad genómica, inserción