1 Predicción de la estructura secundaria de ARN mFoldIntegrantes Jimena Collantes Lisette Delgado Nelly Mostajo Carla Ramirez Brian Lucero
2 Introducción Estructura secundaria
3 Estructura secundariaplegamiento Interacciones débiles=enlaces de hidrógeno, van de waals, interacciones iónicas Tipos de estructuras secundarias loops Hélice alfa Hoja beta Giros beta Hélice de colágeno beta plegadas Cambios que no afectan la estructura
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7 Introducción mFold (multiple-fold) algoritmo: mínima energía de GibbsPredice: plegamiento, hibridación y temperatura melting
8 Introducción Programación dinámica Dot PlotEnergía libre de Gibbs – Scores
9 Alineamiento de secuencias
10 Segmentos complementariosSegmentos repetidos Transposiciones Segmentos palindrómicos Eventos evolutivos
11 Introducción Energía libre de Gibbs Ley de la mínima energía potencialPotencial dinámico= función de estado extensiva con unidades de energía, da la condición de equilibrio y de espontaneidad para una reacción química. para calcular si una reacción ocurre de forma espontánea tomando en cuenta solo las variables del sistema. Ley de la mínima energía potencial 2da ley termodinámica
12 Parametros de MFOLD
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14 Dar nombre… y copiar la secuencia en formato FASTARestringir la información
15 Tipo de secuencia Constantes Porcentaje suboptimo Límite del número de Foldings
16 Ventana y tamaño de loopAsimetría y distancia máxima para el apareamiento de bases
17 Opciones de imagen Formato de imagen
18 Diseño del loop exteriorBase numerada
19 Diseño de la estructuraFOLD IT!
20 rRNA T. thermophilus Subunidad 5S – 120bp>embl|V01415|V01415 Thermus thermophilus 5S ribosomal RNA, complete sequence aatcccccgtgcccatagcggcgtggaaccacccgttcccattccgaacacggaagtgaa acgcgccagcgccgatggtactggcggacgaccgctgggagagtaggtcggtgcggggga
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22 Dot plot
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24 Estructura 1 Estructura 6
25 Sin embargo… Yusupov et al, 2001Crystal Structure of the Ribosome at 5.5 Å Resolution
26 Estructura 1 Estructura 6
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31 Estructura 1 Estructura 5
32 >120bp natural angles
33 Estructura 1: natural anglesEstructura 1: default Los ∆G permanecen iguales
34 rRNA Plasmodium falciparum Subunidad 5S – 349bp>embl|M19135|M19135 P.falciparum 5S rRNA gene, clone S8. aaaatgtatatgtattaagaatacaaaataattatgctaatataaaagaagaaaactcat taaatattttaatatagaatgttttatatatgattattcttaaataaatatgaatattaa attttagtgaagtaaatcttttgactcgttcatactacagtggccacaccagatcccatc agaactctgaagttaagcactgtaaggcttggctagtactgaggtgggagaccgctcggg aacaccaggtgatgagtcattttttttatataaaaaaaaatttttattattttatataat aaaaaaaataatatatgttattatagataattagtattttcattaattt
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38 Estructura 1 Estructura 8