1 PROTEIN MODEL PLATFORM WEBMOBIS Krzysztof Gapiński Marcin Różański Paweł Ślusarczyk Magdalena Ziębińska Promotor: dr inż. Piotr Łukasiak

2 Plan prezentacji 1. Wstęp. 2. Założenia projektu. 3. Użyte technologie. 4. Zaimplementowane moduły platformy Webmobis. 5. Podsumowanie.

3 Wstęp Czym jest bioinformatyka? Czym jest bioinformatyka? Zastosowania: Zastosowania: porównanie podobieństw miedzy sekwencjami genów analiza struktur DNA i RNA białek wyszukiwanie homologi genów

4 Wstęp Software Development Studio Software Development Studio Klient – Uniwersytet Kalifornijski Klient – Uniwersytet Kalifornijski Problemy klienta: Problemy klienta: rozproszenie danych chaos informacyjny brak narzędzi wspomagających

5 Założenia projektu. rozwój metaserwera integracja istniejących narzędzi implementacja nowych funkcji ujednolicenie formatów danych

6 Moduły platformy Serwery predykcji struktur białek Serwery predykcji struktur białek Przeszukiwanie istniejących baz danych Przeszukiwanie istniejących baz danych Narzędzia do wizualizacji Narzędzia do wizualizacji

7 Technologie JAVA JAVA Tapestry Tapestry Ant Ant Eclipse Eclipse Tomcat Tomcat PostgreSQL PostgreSQL Java Web Start Java Web Start

8 Serwery predykcji struktur białek

9

10 Przeszukiwanie baz danych ModBase (http://modbase.compbio.ucsf.edu)

11 Przeszukiwanie baz danych

12 SwissModel (http://swissmodel.expasy.org)http://swissmodel.expasy.org

13

14 Narzędzia do wizualizacji Pymol

15 Narzędzia do wizualizacji Spice

16 Podsumowanie Efekt końcowy Efekt końcowy http://webmobis.cs.put.poznan.pl http://webmobis.cs.put.poznan.pl Praktyczne wykorzystania Praktyczne wykorzystania

17 Koniec Dziękujemy za uwagę. Dziękujemy za uwagę.