1 The functional organization of mitochondrial genomes in human cellsMarek Kudła

2

3 Plan prezentacji Przedstawienie tego, co właściwie zostało zbadaneWnioski autorów – ogólny model W jaki sposób otrzymano wyniki i jak je analizowano Moim celem jest również pokazanie tego jak czytać artykuły naukowe i się nie pogubić 

4 Obiekt badań Jak uorganizowane jest ludzkie mtDNAJego powiązania przestrzenne z aparatami transkrypcyjnym, translacyjnym, translokacyjnym i degradacji RNA Zachowanie mtDNA podczas podziału mitochondriów.

5

6 Human mtDNA – organisation~16.6 kb 22 tRNA molecules 2 rRNAs 13 mRNAs Both strands encode transcripts Dense packing

7 Human mtDNA – information expressionPrimary mitochondrial transcripts Policistronic transcripts Genes encoded by mtDNA lack regulatory sequences Common promotor region for transcripts from both strands In case of ATP6/8 and ND4/4L ORFs of two proteins are partially encoded by the same DNA sequence in different reading frame

8 mtDNA uorganizowane jest w foci po ~8 cząsteczekmtDNA uorganizowane jest w foci po ~8 cząsteczek. Foci związane są z błoną mitochondrialną.

9 Ogólny schemat idei integracji funkcji

10 Dlaczego to takie istotne?Współskładanie kompleksów mitochondrialnych zależy od białek mitochondrialnych i jądrowych

11 Współwystępowanie foci mtDNA i nowopowstałych transkryptów

12 S6 - białko rybosomalne z rybosomu cytoplazmatycznegoNAC – chaperon cytoplazmatyczny uczestniczący w translokacji białka przez błony mt Tom22 – kompleks translokacyjny zewnętrznej błony

13 W jaki sposób rzetelnie analizuje się takie obrazy? - propozycjaprzesuwanie obrazów względem siebie dla każdej pozycji liczymy współczynnik korelacji Pearsona (-1, 1) -1 korelacja ujemna 0 brak korelacji 1 korelacja dodatnia obserwujemy rozkład współczynnika w zależności od dystansu przesunięcia

14 Współwystępowanie foci mtDNA i motoru kinezynowego motoru białkowego odpowiedzialnego za ruch mitochondriów po mikrotubulach.

15 Współwystępowanie jednostki oksydazy cytochromowej c, podjednostka 8 i mtDNA

16 Jeszcze raz dla przypomnienia:degradosom (Suv + egzonukleaza)

17 Wnioski mtDNA uorganizowane jest w foci po 6-10 cząsteczekfoci występują w pobliżu miejsc podczepienia mt do szkieletu MT podziały mt odbywają się w pobliżu foci, ale nigdy nie dzielą foci foci występują w miejscach, gdzie lokalnie zmniejszona jest ilość kompleksów oddechowych, co może chronić mtDNA przed wolnymi rodnikami

18 Wnioski jeszcze istotniejsze...powstające transkrypty pozostają w pobliżu foci (czas półtrwania ~43 min.) po czym są degradowane (czas półtrwania ~45 min.) mitochondrialne jak i cytoplazmatyczne rybosomy lokalizują się w pobliżu foci również w pobliżu lokalizują się kompleksy odpowiedzialne za translokację białek przez błony mitochondrialne

19 Dziękuję za uwagę